המוסד לעלייה ב' היה זרוע סודית של ההגנה שארגנה העלייה הבלתי-לגאלית ("עלייה ב'" = עלייה ללא אישור בריטי) מארצות אירופה וממדינות ערב. הפעילות הייתה מחוץ לגבולות הארץ, חשאית ובלתי חוקית לפי חוקי המנדט הבריטי. המוסד פעל בפועל מאז סוף 1938 והוקם רשמית ב‑29 באפריל 1939.
הצורך בהקמה נוצר בגלל החמרת האיסורים הבריטים ועליית הסכנה לאירופאים יהודים. שאול אביגור קיבל לידיו את הפיקוד, לצד מנהיגים נוספים כמו יהודה ברגינסקי. ההעפלה החלה לפני המוסד, כבר בשנות ה‑30, ובין היתר הפליגה הספינה כוכב ב‑1934. עד פרוץ המלחמה ביצע המוסד כ‑50 הפלגות והביא מעל 20,000 עולים.
לאחר המלחמה חידש המוסד את הקשר עם קהילות הפליטים באירופה. הפעילות כללה שתי זירות עיקריות: הבריחה בדרך היבשה וריכוז המעפילים וההעפלה בים. המוסד פעל בעשרות מדינות עם שליחים ומפקדים מרכזיים באיטליה, רומניה, יוון ופולין. עקרונות העבודה כללו חשאיות קפדנית, תקשורת פנים‑אל‑פנים ושימוש בקודי שמות.
בין 1945 למאי 1948 ארגן המוסד 65 הפלגות שהערימו יותר מ‑70,000 עולים. אוניית המעפילים המפורסמת ביותר הייתה "אקסודוס" (1947), שהביאה תשומת לב עולמית לנושא הפליטים היהודיים והשפיעה על הדיון באו"ם לגבי ארץ ישראל.
המוסד גם הקים מערכת זיוף מסמכים ("מסגריות") כדי לעבור גבולות. תנועת הבריחה הובילה כ‑300,000 פליטים ברגל, במשאיות וברכבות, ולעתים כסחורה מוסווית. פרק חשוב היה הצלת ילדים, רבים הוסעו מבתי יתומים, משרידי מחנות וממקומות מסתור.
היו גם מבצעים מיוחדים, למשל העפלה אווירית בשם "מבצע כנף", שהעבירה כ‑150 מעפילים מעיראק ואיטליה. בנוסף המוסד פעל במדינות ערב בין 1943 ל‑1949 והעלה מעל 5,000 יהודים בסיוע הצבא השנתי (הפלמ"ח).
המוסד עסק גם ברכש נשק עבור ההגנה וצה"ל שנוסד מאוחר יותר. במסגרת קידום העסקה הצ'כוסלובקית נרכשו עשרות מטוסים, כ‑50,000 רובים, כ‑6,000 מקלעים וכ‑90 מיליון כדורים. חלק מהנשק הועבר מוקדם במסגרת מבצע חסידה.
עם קום המדינה השתנה שמו ל"המוסד לעלייה" והפך לחברת נסיעות והובלת עולים. מאוחר יותר הוא הפך לחברת ספנות 'שוהם' (שמה שונה אחר כך ל'צים'). המוסד פורק ב‑1952; פעיליו חזרו לקיבוציהם או הצטרפו לכוחות הביטחון.
המוסד לעלייה ב' היה גוף סודי שעזר ליהודים להגיע לארץ בלי אישור. "עלייה ב'" זה שם לעלייה לא חוקית.
הוא החל בסוף 1938 והוקם רשמית ב‑1939. שאול אביגור הוביל את הפעולה. לפניו כבר היו הפלגות קטנות, כמו כוכב ב‑1934.
אחרי המלחמה חזרו לפעול. המוסד ארגן הפלגות וסידר דרכים יבשתיות להבאת עולים. בין 1945 ל‑1948 הושב יותר מ‑70,000 אנשים ב‑65 הפלגות.
אוניית המעפילים המפורסמת הייתה "אקסודוס". המאבק סביבה הביא תשומת לב עולמית לסיפור הפליטים.
המוסד עזר גם להעביר ילדים מבהלין או ממחנות אל ארץ ישראל. כדי לעבור גבולות זייפו מסמכים במעבדות מיוחדות שנקראו "מסגריות".
בשנים 1943, 1949 סייעו המוסד והפלמ"ח להעלות מעל 5,000 יהודים מסוריה ועיראק.
המוסד קנה גם נשק לצורך המאבק. עסקה גדולה בצ'כוסלובקיה סיפקה רובים, מקלעים וכדורים.
אחרי 1948 הפך הגוף לחברת ספנות ששמה היה 'שוהם' ולאחר מכן 'צים'. ב‑1952 הפעילות הופסקה והאנשים פרשו.