המעורבות הימית של יפן החלה כבר בתקופות קדומות, וכללה הפלעות, סחר ולוחמה מול שכנותיה. במאות ה-16, 17 בנו שליטים יפנים ציים גדולים ואניות משוריינות ראשונות. בתקופות אלו הושפעו היפנים מטכנולוגיות וספינות זרות.
לאחר תקופת הבידוד של שוגונות טוקוגאווה (הממשל הצבאי היפני), נאלצה יפן להיפתח בעקבות התערבות אמריקנית והסכמים משנות ה-1850. הרסטורציה של מייג'י הובילה לרפורמות מהירות, תיעוש והקמת הצי הרשמי ב-1869. בתחילה הוא התמקד בהגנת החופים ובבנייה מוגבלת, אך בהדרגה התפתח לצי מודרני.
יפן קנתה וסיפקה אוניות ממספנות זרות ולימדה קצינים בחו"ל. בריטניה וסחרים בריטיים תמכו בבנייה ובהכשרה, ואנשי מקצוע צרפתים הביאו רעיונות חדשים. האסכולה הצרפתית עודדה שימוש בספינות קטנות ומהירות, וטכניקות אלה שולבו בתכנון היפני.
הצי היפני הוכיח את כוחו במלחמות נגד סין (1894, 1895) וברוסיה (1904, 1905). בקרב שפך הנהר יאלו ובקרב צוושימה נרשמו ניצחונות משמעותיים. ניצחונות אלה תרמו לעליית יפן ככוח ימי חשוב.
יפן למדה מהאוניות הזרות, שיפרה דגמים והחלה לבנות יותר במספנות מקומיות. עד שנות העשרים של המאה ה-20 הצי הפך לאחד הגדולים בעולם.
במלחמת העולם הראשונה תמכה יפן בנות הברית, כבשה נחלות גרמניות באוקיינוס השקט ושלחה כוחות לים התיכון. בין שתי המלחמות המשיכה יפן לפתח אוניות וטכנולוגיות ימיות, אך הוגבלו על ידי אמנות בין-לאומיות.
לקראת ולפני המלחמה הצי היפני היה בין המתקדמים בעולם. בתחילת המלחמה הושגו הישגים גדולים, למשל המתקפה על פרל הארבור ב-1941. עם זאת, ארצות הברית בעלת היכולת התעשייתית והטכנולוגית הגבוהה הצליחה להגיב ולהשיג עליונות. לאחר הפסדים משמעותיים ופעולות נואשות, הצי נהרס ברובו עד סוף המלחמה.
יפן השקיעה גם באוניות-מערכה גדולות מאוד, כמו ה"יאמטו", אוניית המערכה הגדולה ביותר בהיסטוריה. היא פיתחה נושאות-מטוסים חזקות, שהיוו חלק מרכזי בפעולותיה בתחילת המלחמה. המטוס "זירו" נחשב לטוב בתחילת המלחמה, אך לאחר מכן חסריו בשריון ובייצור בלטו.
ליפן היו צוללות מגוונות, כולל צוללות ארוכות טווח שנשאו מטוסים, וצוללות ניסיוניות כמו I-400. לקראת סוף המלחמה פותחו כלי התקפה מיוחדים, ביניהם כלי התאבדות כמו קמיקאזה (טייסי התאבדות) וסירות נפץ.
לאחר הכניעה ב-1945 ופירוק הצבא על פי חוקת 1947, הוקם כוח ימי להגנה בלבד. כיום הים נשלט על ידי כוחות ההגנה העצמית הימיים, שאינם נושאים באותו אופי התקפי שהיה לצי הקיסרי.
יפן הייתה מעורבת בים במשך זמן רב. בשנים רחוקות נבנו ספינות מלחמה גדולות.
ב-1869 הוקם רשמית הצי המודרני של יפן. לפני כן יפן הייתה סגורה לחוץ.
יפן ניצחה בסכסוכים עם סין וברוסיה בסוף המאה ה-19 ותחילת המאה ה-20.
אלו היו קרבות שהפכו את יפן לכוח ימי חזק.
בתחילת מלחמת העולם השנייה היה לצי היפני כלי נשק חזקים.
ב-1941 הותקף נמל פרל הארבור. בהמשך הצי נחל מפלות והוחלף על ידי כוחות בעלי-ברית.
יאמטו הייתה אוניית המלחמה הגדולה ביותר. (אוניית מערכה = אונייה חזקה מאוד).
נושאות מטוסים הן אוניות שנושאות מטוסים על סיפון.
המטוס "זירו" היה טוב בתחילת המלחמה.
צוללת = ספינה שיכולה לשקוע במים ולשוט מתחת לפני הים.
יפן בנתה צוללות מיוחדות ולפעמים השתמשה בטקטיקות קשות כמו קמיקאזה.
קמיקאזה = טייסים שביצעו התקפה מסוכנת מאוד.
אחרי המלחמה פורק הצי הישן. היום יפן שומרת על כוח ימי קטן להגנה.