גן לאומי ירקון משלב שני אזורים עיקריים: תל אפק ומקורות נחל הירקון. כניסה לתל אפק מכביש 483, בין פתח־תקוה לראש העין. לגישה אל מקורות הירקון נוסעים מכביש 5 או 40 דרך כניסה לכפר הבפטיסטים. במקום יש אתרים לביקור, מרחבי דשא, עצים ומקורות מים לנופש ולבילוי.
תל אפק היה מיושב ברציפות כ־5,000 שנה, מאז התקופה הכלקוליתית (תקופה עם שימוש מאוחר יותר גם בנחושת). בתל נמצאים שרידי אנטיפטריס, העיר שבנה הורדוס על שם אביו. המבצר שמוכר כ"מבצר אנטיפטרוס" נבנה בפועל על ידי הסולטאן סלים השני במאה ה־16. חלקי המבצר שנותרו מרשימים לעין.
בחלק זה של הגן נמצא גם מפעל המים שבנו הבריטים בשנים 1934, 1935. המים נשאבו ממעיינות הירקון ונשלחו בירושלים בצינור שאורכו כ־60 ק״מ. כדי להעלות את המים במעלה ההר הוקמו תחנות שאיבה במספר מוקדים, ביניהם ראש העין ושער הגיא. במהלך מלחמת העצמאות נפגעו תחנות אלה, וחלק מהקווים הוחלפו בקו שילוח חדש.
בחלק השני של הגן נמצאים מעיינות ראש העין, מקום נביעת הנהר. הירקון מקבל מים גם משלושה יובלים הרריים שנובעים בשומרון ובהרי בנימין: נחל קנה, נחל רבה ונחל שילה. שלושתם הם נחלי אכזב, כלומר נחל שזורם בעיקר אחרי גשמים.
לפני הקמת מפעל ירקון־נגב בסוף שנות ה־50, הירקון היה נהר חזק שהיה קשה לחצותו מדרום לצפון. הקרבות לצליחת המעברות נשמרו בזיכרון המקומי באמצעות שלוש אנדרטאות על גדות הנהר. כיום אתר מקורות הירקון נמצא בתחום שיפוט פתח־תקווה.
בחודש מאי 1948 השתלט הצבא העיראקי על מחנה באזור, אחרי שהבריטים עזבו. ב־30 במאי 1948 כבשו לוחמי אצ"ל את ראש העין, אך נחלו אבדות ונאלצו להילחם מול כוחות עיראקיים ותומכי חסן סלאמה. קרבות נוספים התקיימו בלילה שבין ה־11 ל־12 ביולי 1948, ובסופו של דבר נפנו העיראקים לאחר כיבוש מגדל אפק. בכניסה לפארק יש אנדרטה לזכר 36 הלוחמים שנפלו בקרבות על האזור.
לאחר הקמת המדינה סופח האזור לפתח־תקווה. בשנת 1951 הוצעה הקמת פארק עירוני, אך המקום נותר מוזנח שנים רבות. חלקים מהמבצר נפגעו ושימשו לחומר בניין. עבודות להקמת הפארק החלו רק ב־1971 על ידי עיריית פתח־תקווה ורשות הגנים הלאומיים. בתכנון הוקצו בריכה, אגם ומסעדה, ונבנה גם פארק מגדל אפק הסמוך.
בשנת 2002 הורחב שטח הגן בכ־1,900 דונם, מאזור טחנת אבו־רבאח ועד כביש 5. בשטח נוסף זה נכללו אדמות הכפר אל־מיר, שבו גרו תושבים לפני מלחמת העצמאות והם לא הורשו לשוב לאחר שברחו במהלך הקרבות.
בשנת 2003 אושרה תוכנית מחוזית לפיתוח רצועה ירוקה לאורך הירקון. התוכנית כוללת כ־29,000 דונם לפארק מטרופוליני ולהקמת ארבעה פארקים עירוניים בשטח כולל של כ־7,500 דונם, כולל גני יהושע. התוכנית דוגלת בפיתוח מרכזי פנאי, שבילי הליכה ואופניים, חשיפת אתרים ארכאולוגיים ושיקום מקטעים מזוהמים של הנהר. המטרה היא להפוך את הירקון לריאה ירוקה אזורית, בדומה לפרויקטים אחרים באזור.
לאורך הירקון יחלפו שטחים בתחומי מועצות וערים רבות: מועצה אזורית דרום השרון, פתח־תקווה, הוד־השרון, רמת־שרון, בני־ברק, רמת־גן ותל־אביב. ב־2006 אושרה תוכנית לפארק של כ־2,000 דונם ליד מרכז הטניס ברמת־השרון. בשנת 2018 נחנך פארק ואגם אקולוגי מצפון לירקון, בסמוך לאזור התעשייה נווה נאמן בהוד־השרון.
גן לאומי ירקון כולל שני חלקים עיקריים: תל אפק ומקורות הירקון. הכניסה לתל אפק מכביש 483. אל מקורות הירקון נכנסים מכביש 5 או 40.
תל הוא גבעה ארכיאולוגית שבה יש שכבות ישוב ישנות. תל אפק ישבו שם אנשים כ־5,000 שנה. יש שם שרידים של עיר בשם אנטיפטריס וביצורים ישנים. במאה ה־16 בנה הסולטאן סלים השני מבצר במקום. בשנות ה־30 הבריטים בנו מפעל מים. הם שאבו מים ממעיינות הירקון ושלחו אותם לירושלים.
הנהר מתחיל ממעיינות ראש העין. מעיין זה הוא נקודת היציאה של המים. עוד שלושה נחלים קטנים תורמים לירקון: נחל קנה, נחל רבה ונחל שילה. אלה נחלים שאינם זורמים כל השנה.
במלחמת העצמאות היו קרבות באזור ב־1948. יש אנדרטה לזכר 36 לוחמים שנפלו. אחרי המלחמה האזור עבר לפתח־תקווה. רק ב־1971 החלו להקים כאן פארק עם אגם ובריכה.
מאוחר יותר, ב־2002, הוגדל שטח הפארק בכ־1,900 דונם. ב־2018 נחנך פארק ואגם אקולוגי חדש ליד הירקון בהוד־השרון.
תגובות גולשים