ב-1968 הודיע ראש ממשלת בריטניה הרולד וילסון על נסיגה של הכוחות המוצבים "ממזרח לסואץ". בעקבות זאת השתמשו באזור, שכונה אז "חוף שביתת הנשק", בדגל זמני עם כוכב משושה על רקע לבן בין שתי רצועות אדומות.
ב-2 בדצמבר 1971, עם כינון איחוד האמירויות הערביות, אומץ הדגל הנוכחי. הוא נבחר מתוך יותר מאלף הצעות שהוגשו בתחרות לעיצוב.
צבעי הדגל הם ירוק, שחור, לבן ואדום, צבעי הלאומיות הכלל-ערבית (צבעים שמופיעים בדגלים של מדינות ערביות רבות). בשונה מרוב הדגלים הערביים, השחור נמצא בתחתית והירוק בחלק העליון. הצבעים מסודרים במשטחים רבועים ולא במשולשים.
מעצב הדגל הוא עבדאללה מוחמד אל-מעיינה. הוא עיצב את הדגל כשהיה בן 19. לפי ראייתו, האדום והלבן נלקחו מדגלי האמירויות שהצטרפו לאיחוד. הירוק מסמל פוריות, והשחור מסמל נפט - המשאב הכלכלי המרכזי של המדינה.
לכל אמירות האיחוד יש דגל משלה, פרט לפוג'יירה שמשתמשת גם בדגל האיחוד כדגל מדינה. דגלי האמירויות היו בשימוש כבר במאה ה-18. לאחר חתימת הסכמי 1820, הוסיפו המדינות מסגרת לבנה לדגל האדום כסימן למחויבות לשלום. בשנים הבאות צמצמו דובאי, עג'מאן ואום אל-קיוין את המשטח הלבן בדגליהן. אמירות פוג'יירה, שלא הייתה חלק מההסכם, שמרה על דגל אדום פשוט.
בשנת 1968 הודיעו הבריטים שהם יסירו את חייליהם. אז השתמשו בדגל זמני עם כוכב משושה.
ב-2 בדצמבר 1971 נוצר איחוד האמירויות הערביות. באותו יום בחרו בדגל הנוכחי מתוך הרבה הצעות.
צבעי הדגל הם ירוק, שחור, לבן ואדום. אלה צבעים שמופיעים בדגלים של מדינות ערביות רבות. השחור נמצא בתחתית והירוק בחלק העליון. הצבעים מסודרים בריבועים, לא במשולשים.
עבדאללה מוחמד אל-מעיינה עיצב את הדגל כשהיה בן 19. לפי המעצב, הירוק מייצג פוריות (אדמה שמייצרת צמחים). השחור מייצג נפט - דלק חשוב.
לכל אמירה יש דגל משלה, חוץ מפוג'יירה. דגלים כאלה היו כבר במאה ה-18. אחרי הסכמי 1820 הוסיפו מסגרת לבנה לדגל האדום כדי להראות רצון לשלום. דובאי, עג'מאן ואום אל-קיוין הקטינו את המשטח הלבן. פוג'יירה שמרה על דגל אדום פשוט.
תגובות גולשים