יונה יחיאל מצגר נולד בחיפה ב-4 באוגוסט 1953. למד בישיבות בני עקיבא וכרם ביבנה. שירת בחטיבה 7 של חיל השריון כצלף טנק ובמלחמת יום הכיפורים לחם בצפון רמת הגולן. לאחר מכן שירת כרב צבאי והגיע לדרגת סרן.
לאחר שמונה למד והוסמך לרבנות, היה רב בית הכנסת "תפארת צבי" בתל אביב והוגדר כ"רב צפון תל אביב". ערך חופות רבות ופרסם ספרים תורניים, ביניהם סדרת תשובות בשם "מים ההלכה" ו"כנפי יונה". על "מים ההלכה" קיבל פרס תורני. באחת הטענות נגדו נטען שהוא מסתמך רבות על תשובות קודמות של רבנים, לעיתים בלי קרדיט מלא.
בשנות ה-90 הועלו נגדו תלונות על חתימה על כתובות וגביית כספים על חופות. בשנת 1998 שללה ממנו מועצת הרבנות את תעודת הכושר כרב עיר, אך בסוף הוחזרה לו התעודה אחרי ועדת בירור, בתנאי שישלוף את מועמדותו לרב העיר תל אביב.
ב-2001 נכנס למועצת הרבנות הראשית. בבחירות ל-2003 נבחר לרב הראשי האשכנזי של ישראל, בתמיכה של חלק מהמגזרים החרדיים. בחירתו עוררה מחלוקת בציבור הדתי לאומי ובקהילות אחרות.
במהלך כהונתו הוביל שינויים וכיוונים חדשים בתחום הכשרות. השינויים כללו יוזמות שהשפיעו על מערכות הכשרות, אם כי לא כל הפרטים הוזכרו כאן.
מצגר פירסם פסקי הלכה לגבי שמיעת שירת נשים בצבא. הוא תמך בזכות חיילים דתיים להימנע משתמיעת קול שירת אישה, אך גם דיבר על שמירת כבוד הזמרות.
בנושא קווי תחבורה מהדרין, שבהם מופרדת הישיבה בין גברים ונשים, הוא התנגד לחייב קווים ציבוריים בדרישה כזו. הוא הציע שמי שרוצה החמרה יקים חברות נפרדות.
בתחום הגיור ובמשפט הרבני, החמיר בענישה נגד סרבני גט (אדם שסירב לתת גט, פירוש: להיפרד על פי הדין הדתי). הוא גם פסק שנשים יכולות לשאת הספד (נאום זיכרון) והחברה קדישא המקומית רשאית להחליט על כך.
הוא קידם מגעים עם מנהיגי דתות אחרות והציע למשל להקים גוף דתי בינלאומי בירושלים בהשתתפות נציגי דתות שונות. רעיונותיו זכו לתמיכה אצל דמויות בינלאומיות וקידום כנסים בין-דתיים.
בביקור רשמי בארמניה השתמש במונח "רצח עם" לתיאור טבח הארמנים, והדגיש שהיהודים מבינים את כאב הקורבנות.
במהלך כהונתו ביקר יונתן פולארד בכלאו ופעל לשחרורו. גם פעל למען שחרור החייל גלעד שליט, קרא להתייעצות של גורמים מקצועיים לפני קביעת פסיקה הלכתית על עסקות חילופי שבויים.
פעל להשבת בתי כנסת שהוסבו לשימושים אחרים במרכז אירופה. בהלווייתה של קבוצה שנרצחה באיתמר קרא לחיזוק היישוב והקהילה במקום.
משנת 2005 נחקר באזהרה על קבלת חדר מלון בתעריף מוזל. המשטרה המליצה להעמידו לדין בעבירות מרמה והפרת אמונים. ב-2006 היועץ המשפטי ציין שהוא שיקר בחקירות, אך החליטה שלא לפתוח תיק פלילי אז. מצגר עתר לבג"ץ, וההליך נמשך; בסוף הוחלט לאסור עליו לכהן כראש בתי הדין.
ב-2013 נעצר בחשד ללקיחת שוחד, מרמה והלבנת הון, בחקירה שסמוכה חודשים. ב-2015 הוגש נגדו כתב אישום הכולל עבירות שוחד, מרמה, העלמת מס והלבנת הון. ב-30 בינואר 2017 הוא הורשע במסגרת הסדר טיעון בעבירות של לקיחת שוחד, מרמה ושיבוש הליכי משפט, ובהמשך נגזרו עליו עונשי מאסר וקנסות כספיים. בית המשפט העליון הקל את עונש המאסר להסכום בהסדר, שלוש וחצי שנות מאסר. ב-1 במאי 2017 החל לרצות את העונש בכלא מעשיהו.
בינואר 2019 נדחתה בקשת חנינה. במרץ 2019 שוחרר מוקדם אחרי ריצוי 22 חודשים, בגלל התנהגות טובה ומצוקת מקום בכלא.
לאחר ההרשעה, הוועדה המשמעתית של הרבנות בחנה שלילת התואר הרבני. הוחלט שלא לשלול את התואר, בתנאים: התחייבותו שלא לכהן בתפקיד ציבורי עד גיל 70.
בפברואר 2025 נחקר בחשד למעשה מגונה בקטין. שוחרר בערבות. סנגורו טען שאין בסיס לטענות.
נשוי לעפרה ואב לשישה. משפחתו קשורה למשפחות רבנים ומו"לים. אחד חתניו הוא רב ודיין פעיל.
פרסם שו"ת וספרים תורניים, ביניהם "מים ההלכה" ו"כנפי יונה". ספריו עסקו בשאלות הלכתיות ובנושאים כמו מלחמות ומצבים ציבוריים.
יונה מצגר נולד בחיפה ב-1953. למד בישיבה. שירת בצבא בחיל השריון.
היה רב בתל אביב וכתב ספרים על הלכה. הלכה פירושה: כללי דת.
בשנת 2003 נבחר להיות הרב הראשי האשכנזי של ישראל. תפקיד זה הוא מנהיג דתי חשוב.
הוא פרסם החלטות לגבי שמיעת שירת נשים וחלוקת מקומות באוטובוסים. גם אמר שנשים יכולות לשאת דברי זיכרון בהלוויות.
עבד כדי לקדם שיחות בין מנהיגי דתות שונות. ביקר במקומות זיכרון בחו"ל.
פעל לשחרור יונתן פולארד ולשחרור החייל גלעד שליט.
מצגר נחקר והוגש נגדו כתב אישום בהאשמות של קבלת כספים לא תקינים. ב-2017 הורשע ונגזר עליו מאסר. הוא נכנס לכלא ב-2017 ושוחרר ב-2019 אחרי שריצה חלק מהעונש.
ב-2025 נחקר שוב בחשד למעשה שלא הולם עם קטין. שוחרר בערבות. עורך דינו אומר שהטענות לא נכונות.
נשוי לעפרה ויש לו שישה ילדים.
כתב ספרים תורניים חשובים, כמו "מים ההלכה".
תגובות גולשים