ישיבת המקובלים "בית אל" בעיר העתיקה בירושלים נוסדה ב־1737 על ידי רבי גדליה חיון, שעליה מטורקיה. בתחילת דרכה נקראה "מדרש חסידים". הישיבה התפרסמה כסרן ללימוד תורת הסוד (קבלה, לימוד מיסטי על דברים רוחניים) למעטים מבין תלמידי ירושלים. המפורסם שבמנהיגיה היה הרב שלום שרעבי, המכונה הרש"ש, שאחרי תקופה קצרה כשמש בישיבה נבחר לראשה.
הרש"ש היה מעולי תימן. בהתחלה עבד בשער הישיבה. לפי המסורת, נקלט כמנהיג בגלל ידיעותיו ורוחניותו. אחריו הנהיגו את הישיבה תלמידיו ובניו.
בבית הכנסת מתפללים יחד ספרדים ואשכנזים. הם מתפללים עם כוונות של האר"י והרש"ש. אחרי התפילה יושבים עטופים בטלית וחובשי תפילין, ולומדים את ספר הזוהר וספרי קבלה אחרים.
תלמידי הישיבה חתמו על "כתב ההתקשרות", התחייבות משמעתית ורוחנית כלפי הישיבה.
הישיבה והקהילה שלה נזכרו בסיפורים ובמחקרים. יוצאי דופן הגיעו ללמוד בה מכל העולם, והישיבה השפיעה על רבנים ומקובלים אחרים.
במלחמת העצמאות 1948 הרסו הירדנים את מבנה הישיבה, והיא חדלה מלהתקיים לזמן מה. אחרי המלחמה שיקם הרב עובדיה הדאיה את הישיבה מחדש. בהתחלה היא פעלה בבית כנסת בשכונת רוחמה. אחר כך עברו למבנה חדש על גג ביתו בשכונת יגיע כפיים, שם נלמדה גם נגלה (לימוד גלויות, כלומר יהדות רגילה) בתוך ישיבה בשם "שלום עבדו". בסוף ימיו תכנן הרב העברה חזרה לעיר העתיקה.
לאחר מלחמת ששת הימים שוקם סניף עצמאי בעיר העתיקה על ידי הרב מאיר יהודה גץ. היום ישיבת בית אל שוכנת גם ברחוב רש"י. בראשות הסניף שבעיר העתיקה עומד הרב ישראל אביחי. בגרסה המחודשת למדו עשרות תלמידים במשמרות, ובמשפחה של הדאיה יש המשכיות הנהגה, נכדו רפאל יהושע יחיאל הדאיה שימש כמנהיג בישיבה.
הישיבה נשאה מסורת ארוכה של לימוד הקבלה והזוהר. במהלך המאה ה־20 נפתחו גם ישיבות נוספות ללימוד הנסתר בירושלים, אך בית אל שמר על מעמדו כמוקד מרכזי למקובלים.
ישיבת המקובלים בית אל נוסדה בשנת 1737 על ידי רבי גדליה חיון. הוא עלה מטורקיה. ברגעים הראשונים קראו לה "מדרש חסידים".
הרב המפורסם בה נקרא הרש"ש. הרש"ש היה רב מתימן. הוא היה שומר שער ונהיה אחר כך ראש הישיבה.
בבית הכנסת מתפללים יחד ספרדים ואשכנזים. הם משתמשים בכוונות מיוחדות בתפילה. כוונות, מחשבות רוחניות שעוזרות להתפלל. אחרי התפילה לומדים את ספר הזוהר. הזוהר, ספר גדול על הקבלה. הם עוטפים טלית וחובשים תפילין ויושבים ללמוד בחברותאות.
התלמידים חתמו על כתב התקשרות. כתב התקשרות, הסכמה להיות קשובים לישיבה.
בשנות ה־1900 הבניין נהרס במלחמה. זה גרם להפסקת הפעילות לזמן מה. אחר כך בנה הרב עובדיה הדאיה את הישיבה מחדש. הוא התחיל בשכונות אחרות, ואז הקים מבנה על גג ביתו בשכונת יגיע כפיים. אחרי מלחמת ששת הימים חזרה פעילות גם בעיר העתיקה. היום ישיבה נמצאת ברחוב רש"י. יש שם תלמידים שלומדים כל היום ולילה בשיעורים ומשמרות.
בית אל מזוהה עם לימוד קבלה ועם ספר הזוהר. אנשים מכל העולם הגיעו ללמוד בו. ישיבת בית אל השאירה חותם על הקבלה בירושלים.
תגובות גולשים