קודש הקודשים (החדר הפנימי והקדוש ביותר במשכן ובבית המקדש) היה חדר מרכזי שבו עמד ארון הברית, התיבה שבה שמרו את לוחות הברית. הקירות היו מצופים זהב. רק הכהן הגדול, הכוהן הראשי, הורשה להיכנס אליו ביום הכיפורים בלבד כדי להקטיר קטורת כחלק מטקס הכיפורים.
במשכן שבנה משה עמד בתוך קודש הקודשים ארון הברית, שעליו כפרורת עם שני הכרובים. לצדי הארון הונחו צנצנת המן, מטה אהרן ושמן המשחה. בבית המקדש הראשון שבנה שלמה עמדו שני כרובים גדולים מצופים זהב, בגובה של עשר אמות וכפי המסורת גם רוחב כנפיהם עשר אמות.
חז"ל מספרים כי לקראת סוף תקופת בית ראשון הוסתר הארון על ידי המלך יאשיהו, כדי שלא יילקח על ידי הבבלים. בבית שני נותרה במקום אבן השתייה, אבן במרכז ההר שנחשבת לנקודת הבריאה במסורת.
משמעות המידות: במשכן הקודש היה ריבוע של עשר אמות על עשר אמות, ובבית המקדש הקודש הקודשים היה גדול יותר, עשרים על עשרים אמות. הבד או הפרוכת שניתנו קלעו בדיוק לאורך החדר, כך שהכהן הגדול ידע היכן להזות את הדם במהלך טקס יום הכיפורים. בין הקודש (החדר שלפניו) וקודש הקודשים עמדה מחיצה, בחזון הראשון קיר אבן, ובהמשך שתי פרוכות.
בבית המקדש הראשון לא היו חלונות בחדר זה; לפי המסורת האור נבע מאור הארון. בבית השני, שבו הארון לא עמד, היו חלונות פתוחים החוצה.
קודש הקודשים הוא החדר הכי פנימי והכי קדוש בבית המקדש. ארון הברית, תיבה עם לוחות הברית, עמד במרכז החדר. הקירות היו מצופים זהב.
בארון הברית נשמרו לוחות הברית. ליד הארון היו צנצנת המן, מטה אהרן ושמן המשחה. בבית שלמה העמידו מעל הארון שני כרובים גדולים מצופים זהב.
לפני חורבן בית ראשון הודח הארון כדי שלא יינזק. בבית שני נותרה רק אבן השתייה, שאותה ראו כנקודת בריאת העולם.
במשכן הקודש הקודשים היה ריבוע קטן של עשר אמות על עשר. בבית המקדש הוא היה גדול יותר. היו מחיצות בין החדרים כדי להפריד את הקודש מהקודש הקודשים.
רק כהן גדול, הכוהן הכי בכיר, נכנס לחדר זה ביום הכיפורים להקטיר קטורת. לפעמים אומנים נכנסו לתקן את החדר דרך חורים בגג שקראו להם לולים.
רוב החוקרים מזהים את המקום עם כיפת הסלע היום. יש דעות שונות בנוגע למיקום המדויק.
תגובות גולשים