דגל סן פרנסיסקו מסמל את בניית העיר מחדש אחרי שריפות ורעידות אדמה.
הדגל מציג את עוף החול, ציפור אגדה שנולדת מחדש מתוך הלהבות.
הסמל מתייחס להשתקמות העיר אחרי שש שריפות בין 1849 ל-1852, וגם אחרי רעידת האדמה והשריפה הגדולה של 1906.
הדגל אומץ רשמית ב-16 בדצמבר 1940.
מתחת לעוף החול מופיע המוטו בספרדית: Oro en paz, fierro en guerra.
המוטו פירושו "זהב בשלום, ברזל במלחמה".
בתכנון המקורי היו אמורות להיות ציצות זהב סביב הדגל; ציצות הן קישוט של חוטים.
בשגגה תפרו פס זהב על הבד במקום ציצות, ולכן כיום כשמציגים את הדגל בתוך מבנים מוסיפים לעיתים ציצת זהב סביב המעטפת.
ב-8 בינואר 1900 הציע ראש העיר ג'יימס פילן לערוך תחרות לעיצוב דגל עירוני ולהוסיף את המוטו.
פילן טען שהזהב מסמל את עושרה של קליפורניה והברזל את כוח לוחמיה.
הוכרזה תחרות עם פרס ראשון של 50 דולרים.
במרץ הוגשו עיצובים שונים, וב-15 באפריל נבחר העיצוב של ג'ון מ. גאמבל מבין 15 הצעות.
העיצוב המקורי לא כלל את פס הזהב ולא את המילים "סן פרנסיסקו".
הדגל הורד לראשונה בתהלוכה ב-1 במאי 1900.
ב-1926 הוחלף הדגל הישן ובדגל המחליף הופיעה לראשונה ציצת זהב.
רק ב-16 בדצמבר 1940 אימצה מועצת העיר את הדגל הרשמי כולל ציצת זהב.
יצרניות הדגלים ייצרו גרסאות שונות: פאראמונט שמרה על התיאור הרשמי, ואמרסון הוסיפה עיטורים, צבעה את הלהבות ושינתה גופנים.
ב-1963 הכריז ראש העיר ג'ורג' כריסטופר כי גרסת פאראמונט היא העיצוב הרשמי, אך שתי הגרסאות המשיכו להימכר.
דגל סן פרנסיסקו מראה שהעיר בנתה את עצמה מחדש.
על הדגל יש עוף החול. עוף החול זו ציפור דמיונית שנולדת מחדש מתוך אש.
הדגל זוכר שריפות ורעידות אדמה קשות.
הדגל אומץ רשמית ב-16 בדצמבר 1940.
מתחת לעוף החול כתוב בשפה ספרדית: Oro en paz, fierro en guerra.
זה אומר "זהב בשלום, ברזל במלחמה".
בתחילה רצו להוסיף ציצות זהב. ציצה היא קישוט של חוטים.
אבל תפרו במקום זאת פס זהב על הבד. היום לעיתים מוסיפים שוב ציצת זהב כשהדגל בתוך מבנה.
בשנת 1900 הכריז ראש העיר על תחרות לעיצוב הדגל.
ג'ון מ. גאמבל נבחר לעצב אותו.
הדגל הוצג לראשונה בתהלוכה ב-1 במאי 1900.
בשנת 1926 החליפו את הדגל והוסיפו ציצה.
בשנת 1940 אישרו את הדגל רשמית.
בשנת 1963 הכריזו שגרסת פאראמונט היא הרשמית, אך עדיין משווקים שתי גרסאות.