טיפול שורש, או עקירת רקמת העצב בשן, נעשה כשהעששת חודרת את הזגוגית ואת הדנטין ומגיעה למוך השן. מוך השן הוא הרקמה הפנימית של השן שיש בה כלי דם ועצבים. לעיתים גם חבלה יכולה לחשוף את המוך ולגרום לזיהום.
לפני המצאת טיפול השורש היו נוטים לעקור את השן בלבד, כי זיהום במוך עלול לגרום לכאבים חזקים ולפגיעה בעצם סביב השן. הביטוי "טיפול שורש" משמש גם בצורה מושאלת לתיאור פתרון יסודי לבעיה.
השלבים העיקריים כוללים צילום רנטגן לאבחון, הרדמה מקומית ברוב המקרים, הוצאת הרקמות החולות וניקוי תעלות השורש. במהלך הטיפול נלקחים לעיתים צילומים נוספים כדי לבדוק את אורך התעלות.
לאחר הניקוי ממלאים את התעלות בחומר סתימה מיוחד, כמו גוטה-פרקה, שמונע חדירת חיידקים. בסיום מבצעים סתימה בכותרת השן.
טיפולי שורש עלולים להחליש את השן. מאחר שאין בה רקמות חיות, היא עלולה להכהות ולהיות רגישה לשבירה. לכן פעמים רבות משחזרים את הכותרת באמצעות מבנה, יתד או בורג בתעלה, ובונים כתר מעליו. שיקום נכון מגן מפני עששת ושבירה, ועששת היא הגורם העיקרי לעקירות אחרי טיפולים אלה (כ־61%).
במקרים מסוימים אפשר להשלים את הטיפול במפגש אחד, בעיקר אם השן לא הייתה נמקית ואין דלקת סביב השורש. לעיתים מפצלים את הטיפול: בפגישה ראשונה מסירים את המוך ומנקים, שמים תכשיר חיטוי תווך (למשל מימת הסידן - calcium hydroxide) וסתימה זמנית. בפגישה מאוחרת מוחלפת המילוי הזמני במילוי קבוע. רבים מעדיפים להשאיר סתימה קבועה רק אחרי שיכוך כאב ונפיחות.
בטיפולי שיניים בלסת התחתונה קיימת סכנה לפגיעה בתעלת העצב הראשית. פגיעה כזו עלולה לגרום לאובדן חלקי או מלא של חוש הטעם, זמני או קבוע. חשוב להתחיל טיפול אנטיביוטי מוקדם אם מתפתחת בעיה. במקרים מסובכים עשויים להפנות לרופאי שיניים מומחים בתחום האנדודונטיה (מומחים לטיפולי שורש), ולעיתים יש צורך בניתוח לתיקון נזקים.
טיפול שורש עושים כשעששת או חבלה הגיעו למוך השן. מוך השן הוא החלק הפנימי עם כלי דם ועצבים. בעבר עקרו את השן כי לא ידעו לטפל במוך.
ראשית עושים צילום שיניים. בדרך כלל נותנים הרדמה מקומית, שהיא זריקה שמונעת כאב. מוציאים את החלק החולה ומנקים את תעלות השורש. לאחר הניקוי ממלאים את התעלות בחומר מיוחד, בדרך כלל חומר גומי בשם גוטה-פרקה. בסוף סוגרים את החור בסתימה.
השן עלולה להכהות ולהיות חלשה אחרי הטיפול. לכן לעיתים שמים מבנה או יתד ובונים כתר, כדי לחזק ולהגן על השן.
במקרים נדירים טיפולי שורש בלסת התחתונה עלולים לפגוע בעצב. זה עלול להשפיע על תחושת הטעם. אם יש בעיה כזו לפעמים צריך טיפול נוסף או הפניה למומחה.