ימת הלשון (המכונה גם אגם הלשון) כיסתה בעבר את בקע ים המלח, כולל בקעת הירדן וחלק מהערבה. בשיאו, לפני כ-25, 26 אלף שנים, התפרש האגם מהכנרת בצפון ועד לחצבה בדרום. אורכו המקסימלי היה כ-230 ק"מ, ורוחבו עד כ-17 ק"מ.
השם "לשון" קשור לרבדי סלע ייחודיים של ארגוניט וחרסיות. רבדים אלה נקראים תצורת הלשון ובעממית "חוואר הלשון". עובי התצורה הוא כ-60, 80 מטרים.
בסוף תקופת הפליוקן מי הים התיכון חדרו לבקע ויצרו לשון ים צרה וארוכה שנקראה לגונת סדום. כשהקשר עם הים נותק לפני כ-3.4, 3.0 מיליון שנים, נותר במקום אגם סגור שניזון מגשמים וממעיינות.
אגם טרמינלי הוא אגם סגור שבו מים נכנסים אך לא יוצאים בנחל. מפלס אגם כזה משתנה לפי יחס הזרימה לאידוי. שינויי מפלס משקפים שינויי אקלים כי בתקופות לחות האגם מתרחב ובתקופות יובש הוא מצטמק.
אגם עמורה היה הגוף הראשון אחרי הניתוק מהים. הוא חזר על עצמו במחזורים עד תחילת התקופה הקרחית לפני כ-70 אלף שנים. במרכז האגן הורבדו שכבות עבות של משקעים בעובי של עד כ-5 ק"מ.
ליסן, אגם הלשון, התקיים בין כ-70 אלף ל-14 אלף שנים לפני זמננו. בשיאו הגיע מפלסו לכ-160 מטרים מתחת לפני הים, כלומר למפלס שגבוה בעשרות ומאות מטרים מעל מפלס ים המלח של היום. עליית מפלס האגם קשורה לעלייה בכמות המשקעים באגן.
בתחתית האגם הושקעו ורוות, שכבות דקיקות שנוצרו בעונות השנה. הוורוות הבהירות עשירות בארגוניט. הוורוות הכהות עשויות חרסיות שנסתננו בזרמי נחלים בחורף. פיתולים בשכבות נגרמו ברעידות אדמה. בריכוז המלחים של אגם הלשון היה כ-17, 20%, פחות ממפלס ים המלח של היום (כ-34%) אך הרבה יותר מהים התיכון (3.6, 3.9%).
במשקעים נמצאו שרידי אצות צורניות, קבוצת אצות עמידות למליחות. זוהו כ-300 מינים שלהן בתצורת הלשון.
השינויים בהרכב המשקעים ובמפלסי האגם משקפים את שינויי האקלים בתקופת הקרח האחרונה. עם סיום תקופת הקרח לפני כ-10 אלף שנים, חלה ירידה במשקעים ועלייה בהתאדות, והאגם הצטמק עד שנשארו רק ים המלח והכנרת כפי שאנו מכירים היום. סימני חופים קדומים במדרונות המדבר מעידים על מפלסים שונים של הימה בעבר.
ימת הלשון הייתה אגם גדול לפני שנים רבות. האגם כיסה את בקעת ים המלח ואת בקעת הירדן.
פעם הים התיכון נכנס למקום ויצר לגונה. לגונה היא כמות מים כמו מפרץ צר.
לאחר מכן הקשר לים נותק. נשאר אגם סגור. אגם סגור (אגם טרמינלי) הוא אגם שבו מים נכנסים אך לא יוצאים.
אחרי הניתוק נוצר ראשית אגם שנקרא עמורה. האגם הזה חזר והתרחב כמה פעמים עד לפני כ-70 אלף שנים.
אגם הלשון היה בין 70 אלף ל-14 אלף שנים לפני. בשיאו, לפני כ-25 אלף שנים, הוא התפרש מהכנרת עד לחצבה. האורך היה כ-230 ק"מ.
על קרקעית האגם יש שכבות דקות שנקראות ורוות. ורוות (שכבות עונתיות) נוצרות בקיץ ובחורף. הבהירות עשויות מינרל שנקרא ארגוניט. הכהות הן חרסית, בוץ שנכנס עם השיטפונות.
אשליות המלחים באגם היו כ-17, 20%. זה פחות ממלחיות ים המלח של היום.
לפעמים נותרו שרידי אצות מיוחדות. אלה אצות שיכולות לחיות במים מלוחים.
כשהאזור היה קר יותר, האגם היה גדול יותר. כשהיה יבש יותר, הוא הצטמק. בסוף נשארו רק ים המלח והכנרת כמו היום.
