מנחת העומר היא מנחת ציבור מביכורי הקציר, שמביאים מסולת שעורים במידה שנקראת "עומר". ההקרבה נעשתה ביום שאחר יום הטוב הראשון של פסח, והכהן הניף את המנחה לפני הקרבתה. מיום הבאת העומר מתחילה ספירת העומר, ספירה של שבע שבתות (שבועות) עד חג השבועות.
הביטוי "ממחרת השבת" גרם במקורות למחלוקת חשובה על היום המדויק להקרבה ולחג השבועות. הפרושים וההלכה הרבנית פירשו "השבת" כיום טוב ראשון של פסח. כתות אחרות (כמו חלק מן הקרבים והשומרונים) פירשו את המילה כשבת השבועית. ההבדל הזה שינה מדי שנה את מועד חג השבועות והיה מקור למתח ליד הבית־המקדש.
אין לקצור חמשת מיני הדגן (חיטה, שעורה, כוסמין, שיבולת שועל ושיפון) לפני הקרבת העומר. האיסור נועד להבטיח שהעומר יהיה "ראשית הקציר", כלומר מתנה ראשונה של הקציר לעם. אף שהמנחה הוכנה משעורה, האיסור חל על כל המינים. התבואה שהביאה את העומר חייבת להיות מארץ ישראל, ובעדיפות ממקומות קרובים לבית־המקדש.
שלוחי בית הדין היו יוצאים לקצור בערב יום טוב, וקוצרים בדרך מסודרת כדי שהקציר יהיה מיוחד למנחה. זמן הקצירה המסורתי הוא ליל ט"ז בניסן, ואם הקציר נעשה ביום המנחה כשר גם כן. הקטיף נעשה בכמות שנועדה להפיק את חלק המנחה, ובדרך כלל עוסקים בכמות של כמה סאים בשילוב כמה אנשים וכלים.
את הזרעים קילפו, זירו, קולוּ וטחנו עד שיוצא סולת. טכניקת הקלייה כללה כלי מיוחד שנקרא "אבוב" (כלי מתכת עם חורים), ואחר כך הטילו רוח על הגרעינים, טחנו ומנפו את הקמח. מתוך הכמות הזו הופרד שיעור אחד שנחשב העומר, עשרית האיפה של סולת מנופה. היתר ניתן לפדות ולאכילה.
ביום המנחה הביאו את סולת העומר בתוספת שמן וקמצוץ לבונה. הכהן הניף את המנחה במזרח העזרה, מעשה שנקרא נפת העומר, והגיש אותה על המזבח. מהקומץ שהוקטירו הוקרב חלק, ושאר המנחה שנשארה נאכלה לכהנים, כנהוג במנחות אחרות.
בעקבות הצורך לדעת מתי בדיוק מותר לאכול מן התבואה החדשה, נחזה איסור לאכול מ חמשת המינים עד הקרבת העומר. בזמן שלא היה בית־המקדש התקבל מנהג להחמיר: רבן יוחנן בן זכאי קבע שכל יום ט"ז בניסן יהיה אסור, והרמב"ם דן בכך כדעת רבי יהודה במשנה, שלפחות בזמנים ללא בית־המקדש יש איסור לכל היום.
המצווה היא לספור שבע שבתות תמימות מהבאת העומר. בספירה סופרים ימים ושבועות, והזמן המיועד לספירה הוא בלילה. לפני הספירה מברכים ברכה קצרה. היום החמישים הוא חג השבועות, שנקרא על שם שבעת השבועות שסופרים.
עם חידוש ההתיישבות החקלאית בארץ ישראל חודש מנהג קציר העומר בחלק מהמושבים והקיבוצים. הטקסים המודרניים שאורגנו ברוב המקומות מבוססים על עיצובים משוחזרים של מתתיהו שלם ולאה ברגשטיין מרמת־יוחנן.
בשנים האחרונות קבוצות שקוראות לעצמן ארגוני המקדש עורכות תרגולים של הכנת סולת העומר. המטרה היא להכין סולת שנראית כשירה להקרבה אם יוקם בית־המקדש השלישי.
מנחת העומר היא מתנה של קמח שעורים. מתנה זו מביאים לכהנים במקדש. את המתנה מביאים ביום שאחרי היום הראשון של חג הפסח. מאז שמביאים את העומר מתחילים לספור ימים עד חג השבועות.
היו מחלוקות מה פירוש המילים "ממחרת השבת". חלק אמרו שזה אחרי יום החג הראשון. אחרים אמרו שזה אחרי השבת השבועית. ההחלטה שינתה מתי חוגגים את חג השבועות.
אסור לקצור דגן מסוים לפני שמקריבים את העומר. זאת כדי שהעומר יהיה "ראשית" הקציר. העומר היה עשוי משעורים והביאו אותו מארץ ישראל.
שליחים של בית־הדין קוצרים בערב ומכינים את השעורים. מקלפים, קולטים, קולים וטוחנים את השעורים עד שיוצא קמח. מן הקמח לוקחים חלק קטן שנקרא העומר.
ביום העומר שמים על הסולת שמן וקמצוץ לבונה. הכהן מניף את המנחה, תנועה שמשמעה הנפה, ואז מקריבים חלק קטן. שאר העומר נאכל על ידי הכהנים.
לא מורשים לאכול מן התבואה החדשה לפני הקרבת העומר. אחרי שמקריבים את העומר סופרים שבע שבועות. ביום החמישים חוגגים את חג השבועות.
במקומות חקלאיים בארץ חידשו את טקס קציר העומר. כיום גם קבוצות שמכינות לעצמן סולת עושים תרגולים, למקרה שיבנו שוב מקדש.