ספריית הפחתה (Subtraction Library) היא שיטה במולקולרית לבדיקת עלייה או ירידה של גנים בתגובה לשינוי, למשל טמפרטורה או חומרים.
השיטה משווה בין ביטוי גנים לפני ואחרי טיפול כשהגנום של היצור לא ידוע היטב. היא מבוססת על היברידיזציה (היצמדות בין מולקולות RNA/DNA) בין מולקולות מהמצב לפני ואחרי הטיפול. רק רצפים שלא היצמדו יוגברו בהמשך, ובכך ניתן לזהות גנים שהשתנו. קיימות שיטות מדויקות אחרות, כמו microarray, אבל הן דורשות ידע מלא על רצף הגנום.
מפיקים mRNA (רנ״א שליח, שנושא מידע מה-DNA) משתי רקמות: אחת שטופלה ואחת שלא. את הרקמה שלא טופלה קוראים Driver, ואת זו שטופלה קוראים Tester. מחלקים את ה-Tester לשתי דוגמאות ומצמידים לכל אחת פרוב שונה, פרוב הוא מקטע זיהוי קצר שמסמן רצפים.
ממירים את ה-mRNA ל-cDNA (DNA משלים המיוצר מ-RNA) ושולטים בהגברה של ה-Driver בעזרת RT-PCR (שיטה להעתקה והגברה של מקטעי RNA/DNA). מבצעים היברידיזציות: תחילה בין ה-Driver לכל אחד מה-Testers, ואחר כך בין ה-Tester ל-Tester.
בסוף נשארות מולקולות cDNA שיש להן את שני הפרובים בקצוות ולא היצמדו ל-Driver. אלו יתוגברו בעת PCR וייצגו גנים שעלו בעקבות הטיפול. אם מחליפים את התפקידים של Driver ו-Tester אפשר למצוא גנים שירדו.
זוהי דרך למצוא אילו גנים משתנים כשהדבר משתנה סביב היצור.
משווים בין מצב לפני טיפול ואחרי טיפול. השיטה משתמשת בהיצמדות בין מולקולות RNA ו-DNA. רק המקטעים שלא היצמדו יבלטו בסוף.
מוציאים mRNA. mRNA זה רנ״א שליח שנושא הוראות מה-DNA.
מסמנים שתי דוגמאות: Driver זו הדוגמה שלא טופלה. Tester זו הדוגמה שטופלה.
חולקים את ה-Tester לשתי דוגמאות ומצמידים לכל אחת 'פרוב'. פרוב הוא סימן קטן שמזהה רצפים.
ממירים את ה-mRNA ל-cDNA. cDNA זה DNA שנעשה מה-RNA.
מגבירים חלקים בעזרת PCR. PCR זו שיטה שמכפילה מקטעי DNA.
מועברים שלבים של היצמדות בין הדוגמאות. בסוף נשארים רק המקטעים שלא היצמדו ל-Driver.
אלו הם הגנים שעלו אחרי הטיפול. אם מחליפים Driver ו-Tester מוצאים גנים שירדו.
תגובות גולשים