פרשת עמותות ברק הייתה חקירה משטרתית (חקירה של המשטרה) שנמשכה מ־2000 עד 2006. היא נפתחה בחשד להפרת חוק מימון מפלגות (החוק שמתייחס לתרומות ולמימון קמפיינים) בגיוס תרומות לא חוקיות בשווי מיליוני שקלים לקמפיין של אהוד ברק ולרשימת "ישראל אחת" בבחירות 1999.
בשנת 1999 הוקמה רשימת "ישראל אחת" בראשות אהוד ברק. מטה ברק השתמש בכמה עמותות לגיוס תרומות. חלק מהעמותות הוקמו במיוחד לקראת הבחירות. אחרות היו ותיקות וגויסו לצורכי הקמפיין. העמותות קיבלו כספים מקרנות מחו"ל ומגורמים פרטיים והשתתפו בפעילות התעמולה. שמואל לוי, איש שטח מרכזי, אמר כי הפעיל 3,000 אנשים בקמפיין.
העיתונאי קלמן ליבסקינד חשף את פעילות העמותות. חבר הכנסת מיכאל איתן העלה חשדות שהעמותות פעלו בניגוד לחוק. חלקן הוגדרו כ"עמותות קש", עמותות פיקטיביות שנועדו בעיקר לגיוס כספים לקמפיין.
מבקר המדינה פרסם בדו"ח מנדטורי בינואר 2000 פירוט חריג על פעולות "ישראל אחת". המבקר העריך העברות כספים של לפחות 5.2 מיליון ש"ח וגזר קנס של 10.5 מיליון ש"ח על הסיעה. היועץ המשפטי לממשלה הורה לפתוח בחקירה.
המשטרה בדקה פעולות של עמותות שונות שהיו מעורבות בגיוס הכספים. אהוד ברק נחקר באזהרה (נשאל כשלא נעצר) ובתגובה טען שלא היה מודע לכל פרטי הניהול והוראה לפעול לפי החוק. גם יצחק הרצוג, טל זילברשטיין ואחרים נחקרו.
בשנת 2002 המליצה המשטרה על העמדת חשודים אחרים לדין. ב־2003 הוחלט שלא להגיש כתבי אישום נגד ברק, הרצוג ויוצבים נוספים בגלל חוסר ראיות. היועץ המשפטי המליץ לכל זאת, אך ביקש להעמיד לדין אחרים. החקירה נגד חלק מהמעורבים נמשכה עד יוני 2006, אז פרקליטות מחוז תל אביב סגרה את כל התיקים, בטענה לקושי לבסס כתבי אישום.
ב־2003 רשם העמותות ביקש לפרק את עמותת "רובד" ולבחון החזר של 2.6 מיליון ש"ח. התורם צ'ארלס ברונפמן טען שלא ידע על הפעילות הבעייתית.
לאחר סגירת התיקים הביעו פוליטיקאים וקבוצות ביקורת זעם. מיכאל איתן תקף את ההחלטה. התנועה למען איכות השלטון דרשה שלא למנות את יצחק הרצוג לשר, אך הוא מונה בסופו של דבר לשר הבינוי והשיכון.
פרשת עמותות ברק הייתה חקירה של המשטרה על כסף בקמפיין של אהוד ברק. בבחירות 1999 השתמשו מטה ברק במספר עמותות. עמותה - ארגון לא רווחי.
חלק מהעמותות הוקמו במיוחד לפני הבחירות. חלק קיבלו כסף מקרנות מחו"ל ותורמים פרטיים. חלק מהאנשים טענו שחלק מהעמותות היו "עמותות קש". עמותות קש, עמותות פיקטיביות שנועדו בעיקר לגיוס כסף לקמפיין.
עיתונאי חשף את מה שעושים העמותות. מבקר המדינה כתב בדו"ח על חריגות, והעריך העברות של לפחות 5.2 מיליון ש"ח. בעקבות הדו"ח נפתחה חקירה.
אהוד ברק נחקר ושוחרר ללא מעצר. גם אנשים אחרים נחקרו. ב־2003 הודיעו שלא יגישו כתב אישום נגד ברק וחלק מהאנשים בגלל חוסר ראיות. החקירה נמשכה עד 2006. אז פרקליטות מחוז תל אביב סגרה את כל התיקים.
אנשים בכנסת ובעמותות היו כואבים וכועסים מההחלטות. בקשה שלא למנות את יצחק הרצוג לשר הועלתה, אך בסוף הוא מונה לשר.